随着医改工作的持续深入，目前我国包括“新农合”和城市居民医保在内的医保系统覆盖率达到了95%，现阶段对基本医疗保障费用支付方式包括按服务项目付费制、总额预算制、按病种付费制等。当基本医疗保障实现全民化后，基本医疗保障费用支付方式的选择就变的非常重要。基本医疗保障费用支付方式选择不仅关系到医疗费用能否得到有效控制，从根本解决“看病难”和“看病贵”的问题，而且关系到政府卫生收支平衡，关系到医院的科学持续发展。在这一背景下，笔者分析了现行按照病种付费的医疗保障费用支付方式的利弊，探讨了医疗机构为适应基本医疗保障费用支付方式改革需加强的几个方面。